全军耳鼻喉科中心是医院起步最早的专科中心，早年致力于潜艇燥音对听力影响的研究，在军事医学领域有较大影响。近年开展的耳科与喉科激光显微手术处于国内领先地位，并在传导性耳聋和眩晕的显微外科治疗方面形成了自己的特色，治疗头颈部许多疑难重症的技术始终处于军内领先地位。20多年来，该中心已获国家、军队科技进步奖、军队医疗成果奖30多项。

全军神经外科中心

全军神经外科中心致力于脑立体定向手术的研究并取得丰硕成果，特别是手术治疗顽固性癫痫、立体定向脑肿瘤手术、颅内恶性肿瘤内放疗手术、显微外科在颅底肿瘤切除中应用、伽玛刀治疗脑占位性病变及微电极引导治疗神经外科功能性疾病等均达到国内先进水平。中心获国家、军队科技进步奖20余项，其中国家科技进步二、三等奖各1项，军队医疗成果二等奖2项，军队科技进步二等奖3项．

全军高压氧科中心

承担着对海军航空潜水人员的医疗、保健和健康鉴定任务，开展了飞行员心理、生理变化及飞行前后血浆活动物质的机理研究，取得了有效成果。组织开展的海军航空兵主要飞行科目对人体影响及基础研究获得军队科技进步二等奖。

全军计划生育　优生优育中心

海军总医院妇产科1998年被总后勤部认定为“全军计划生育、优生优育中心”，年均门诊量35000余人次，年均收治患者1400余人次，年均开展各类手术病房650余台次，门诊5000余台次。近年来，获军队医疗成果二等奖 1项，三等奖5项。发表学术论文60余篇，主编或参编专著8部。

全军腰椎间盘疾病诊治中心

全军腰椎间盘疾病诊治中心有床位60张，有高级职称6名，其中正高1人，副高5人。中心下设脊柱、创伤、关节、骨肿瘤和骨病5个专业，硕士导师1人，医疗仪器设备合计约600万元。中心逐步形成了以脊柱专业为特色的中心发展状态，目前年门诊量达 2 万以上，其中颈肩痛及腰腿痛患者占约三分之一。患者组成包括军队干部战士，地方患者来自全国各地。每年病房收治患者达 900 人，其中脊柱伤病患者达近 300 人。

全军结节病中心

全军结节病中心是国内最早开展结节病系列研究的单位之一，开展了肺结节病胸片分类法及高分辨薄层CT在结节病诊断，对于准确判断病程和预后及结节病肺部微小病灶的发现提供了有价值的方法，已积累结节病病例500余例。中心年收治量1000余人次，年门诊量达2 万人次。中心设有氩氦刀肿瘤治疗中心、肺功能室、呼吸机室、支气管镜室、睡眠呼吸监测治疗室、呼吸疾病实验室等设施。

全军结节病中心

全军结节病中心是国内最早开展结节病系列研究的单位之一，开展了肺结节病胸片分类法及高分辨薄层CT在结节病诊断，对于准确判断病程和预后及结节病肺部微小病灶的发现提供了有价值的方法，已积累结节病病例500余例。中心年收治量1000余人次，年门诊量达2 万人次。中心设有氩氦刀肿瘤治疗中心、肺功能室、呼吸机室、支气管镜室、睡眠呼吸监测治疗室、呼吸疾病实验室等设施。

全军视光学疾病中心

全军视光学疾病中心 由专科门诊、住院病房、准分子激光近视治疗中心、北京弱视斜视专家会诊中心、眼科实验室、资料室、临床检查室（验光室、视野室、A/B超声波室、视觉电生理室、眼底血管造影室)、临床治疗室、氩激光治疗室、24小时眼压监测室等组成，开展白内障超声乳化并人工晶体植入术、准分子激光角膜屈光成型术、立体视觉检查、斜视弱视诊断与治疗，积累了丰富经验。